超净工作台和生物安全柜都是实验室中用于维持无菌环境的重要工具，它们的主要功能和应用相似，但在使用方法、设计要求和适用范围等方面存在差异。
超净工作台是一种专门设计用于微生物控制的实验操作台，通常具有较高的气流速度和洁净度级别，主要用于实验材料的转移和处理，而不需要特殊的防护措施。它适用于各种类型的实验，包括但不限于基因工程、细胞培养、分子生物学等。
生物安全柜则是专为保护工作人员和实验对象免受污染而设计的设备。其内部空气被严格净化，以防止有害微粒进入呼吸道和其他潜在暴露区域。生物安全柜的设计和操作比超净工作台更加复杂，需要符合严格的法规标准，例如美国的ISO 14624系列标准。它主要适用于进行涉及活体动物或者高致病性微生物的研究活动。
生物安全柜通常配备有高效过滤器系统（HEPA），能够在生物样本表面形成一层屏障，有效阻挡细菌、病毒或其他有害微生物。生物安全柜内的气体循环会通过一系列过滤和净化装置，确保空气中不存在任何可移动的微生物颗粒。相比之下，超净工作台没有这样的空气净化系统，仅依靠机械抽风实现清洁空气流动。
超净工作台和生物安全柜各有优劣，根据不同的实验需求和风险等级选择合适的设备至关重要。对于需要频繁接触活体微生物研究的人来说，生物安全柜是更好的选择；而对于非直接接触高风险物质的实验室工作来说，超净工作台可能是更为经济且实用的选择。